En el año 2001, la antigua Secretaria General de Pesca Marítima del Ministerio de Agricultura, Pesca y Alimentación, acomete la realización del Libro Blanco de la Acuicultura en España, una de cuyas líneas estratégicas era la creación del Observatorio Español de Acuicultura (OESA), que debía crearse con el objetivo de fomentar la interrelación entre las distintas áreas del sector de la acuicultura.
Así, el 8 de abril de 2002, y previa aceptación por el Consejo de Ministros en su reunión del 8 de Marzo, se firma un Convenio de colaboración entre la Secretaría General de Pesca Marítima y el Consejo Superior de Investigaciones Científicas para la creación y desarrollo del OBSERVATORIO ESPAÑOL DE ACUICULTURA (OESA). El observatorio echaba a andar.
En la 52ª reunión de JACUMAR, celebrada el 16 de mayo de 2002, se hizo la presentación del Observatorio a las Comunidades Autónomas y las principales asociaciones del sector, aprobándose también los órganos de gestión y la mecánica de funcionamiento del mismo.
Este convenio, de carácter exploratorio, tuvo una vigencia de 4 años (2002 a 2005) y finalizó el día 15 de diciembre de 2005, obteniendo, un notable éxito un gran número de actuaciones, desarrolladas durante estos cuatro primeros años.
En base a esta exitosa iniciativa y amparándose en la Ley 13/1995, de 18 de mayo, de Contratos de las Administraciones Públicas, el Ministerio de Agricultura, Pesca y Alimentación firma una Encomienda de Gestión con el Consejo Superior de Investigaciones Científicas con el objetivo de dar continuidad a esta iniciativa y que el observatorio pueda poner en marcha, durante los años 2006 y 2007, nuevas actuaciones en base a los objetivos iniciales.
Algunas de estas actuaciones de interés y relevancia para la acuicultura española, pueden ser: el certamen ACUIFOTO, que premia fotografías relacionadas con la acuicultura, que celebró su 2ª edición en el año 2008, los inicios de su serie editorial sobre acuicultura, habiéndose publicado hasta la fecha tres publicaciones en formato digital, disponibles en la página Web de FOESA, el boletín semanal de noticias del sector o la actualizada información disponible en su página Web, acerca de publicaciones, proyectos e Instituciones relacionadas con la I+D+i, tanto a nivel nacional como internacional.
El día 30 de mayo de 2008, la Ministra de Agricultura, Pesca y Alimentación, Doña Elena Espinosa Mangana, propone al Consejo de Ministros la creación de la Fundación Observatorio Español de Acuicultura.
Así, de conformidad con lo establecido en el artículo 45.1 de la Ley 50/2002, de 26 de diciembre, de Fundaciones, el Consejo de Ministros acuerda la constitución de la Fundación Observatorio Español de Acuicultura, recogiéndose que el ejercicio del protectorado recaerá en el Ministerio de Agricultura, Pesca y Alimentación, hoy Ministerio de Medio Ambiente y Medio Rural y Marino, en el ámbito de sus competencias.
Este importante paso da lugar a una nueva época para el Observatorio, que desde este momento pasa a funcionar como una Fundación del Sector Público Estatal, quedando este hecho recogido en los Estatutos que desde este momento regirán su funcionamiento.
El 25 de junio tiene lugar el acto de constitución ante notario de la Fundación, compareciendo ante este, los representantes de las instituciones llamadas a asumir el cargo de patronos fundadores.